ووجه امين الامانة السياسية بحزب المؤتمر الوطني د.مندور المهدي في المؤتمر الصحفي الذي عقد بالامانة العامة لاحزاب حكومة الوحدة الوطنية يوم الخميس 24-9-2009م انتقادات شديدة لمتؤتمر جوبا وللقوي السياسية المشاركة فيه، واعتبره "ندوة سياسية"، واتهم بعض الجهات الوهمية من  القوي المعارضة والانفصاليين بالحركة الشعبية بالوقوف وراء الملتقي لتقوية موقفهم فيما يتعلق بقضايا التعداد والاستفتاء.

وانتقد مشاركة الحركة الشعبية في مؤتمر يعد تجمع ضد الحكومة، واوضح أن حزبه يعتبر المؤتمر ملتقي للمعارضة وستعامل معه على هذا الاساس مبيناً أنه يهدف لاقصاء حزبه والاحزاب الحاكمة من السلطة بعد قنوطها من خوض الانتخابات، واعلن أن القرارات التي سيخرج بها المؤتمر لن تكون ملزمة وسيكون مصيرها الفشل، واوضح انهم لا يتوقعون أن يأتي خير من المعارضة التي تهدف دوماً للاساءة للانقاذ".

وفي ذات السياق قال رئيس حزب الامة الوطني ومستشار الرئيس المهندس عبد الله مسار أنهم قاطعوا المؤتمر لانه صمم وفصل لصالح لجزء من الاحزاب وليس لقضايا الوطن.